Binnen het samenwerkingsverband RSV Breda en binnen de invulling van Passend Onderwijs specialiseert elke school zich op een bepaald begeleidingsgebied. Het Mgr. Frencken College biedt een afzonderlijk begeleidingstraject aan op het gebied van autisme en hoog- en meerbegaafdheid.
Een afzonderlijk team van begeleiders verzorgt de ondersteuning van autistische leerlingen. Naast de noodzakelijke scholing hebben zij zich verdiept in de begeleiding van en het onderwijsaanbod aan autistische leerlingen. In de praktijk ondersteunt de begeleider de leerling, docent, mentor en ouders.
Naast deze regelmatige contactmomenten is er ook overleg met de ondersteuningscoördinator en de externe begeleiders.